清（顺治朝）
顺治二年（1645年）
十一月，滇南王弄山土司沙定洲攻占云南府城。
顺治三年（1646年）
六月，大西军余部入滇，沙定洲兵败退往滇南。从此，大西军以昆明为反清根据地，增修城池，遍设敌楼，兴建府邸。
顺治四年（1647年）
大西军在李定国、孙可望、刘文秀、艾能奇的领导下，坚持抗清斗争，三月入滇，四月抵昆。顺治五年（1648年）四将军执行“联合恢剿，联明抗清”的策略。
顺治七年（1650年）
大西军四将军出现裂痕，李定国出滇。孙可望称“秦王”，秦王府设在五华山，同时更改省、府、县名，改云南省为云兴省、云南府为昆明府、昆明县为昆海县。
顺治九年（1652年）
孙可望在五华山创建宫殿，制侔大内，“毁昆明、呈贡二城以筑之”。
顺治十一年（1654年）
八月，“大西”政权在滇开科取士，以慧光寺（故址在今东寺街）为科场，取中陈士基等54人。
顺治十二年（1655年）
李定国把永历帝护送到昆明，从此，李定国占领了云南，拥永历为帝，在昆明五华山建皇宫。永历帝封勤王有功的李定国为晋王，刘文秀为蜀王。
顺治十四年（1657年）
大西军因内部分裂，终导致以兵相见。孙可望部为李定国、刘文秀部所败。孙向清军投降，充当清军攻打云南的马前卒。
顺治十五年（1658年）
十二月，清军分三路进攻云南，李定国未作抵抗，拥永历帝逃到中缅边界徘徊观望，明降将吴三桂由川黔滇边区进入云南，此年攻占了昆明。吴三桂从此统治云南22年。
顺治十六年（1659年）
清军进入昆明，吴三桂率领清军追击李定国和永历帝，永历帝逃入缅甸。
清（康雍乾三朝）
康熙元年（1662年）
为向清示好，缅王猛白缚送永历帝给吴三桂，永历被吴绞死于昆明篦子坡（今逼死坡）金禅寺。
十年，十一月，吴三桂晋封亲王，兼管云贵。以五华山宫室为王府，填菜海子（今翠湖）之半营造别苑，稍后，又在莲花池建安阜园。
康熙二年（1663年）
因怕各藩拥兵自重，势成尾大，康熙开始“削藩”，收缴吴三桂“大将军印”。十二年（1673年）八月，派人督促吴三桂从云南撤走。
康熙十二年（1673年）
十一月二十一日，吴三桂起兵反清。1678年在衡州称帝，国号“周”，年号“昭武”。八月暴卒。十一月其孙吴世璠继位，所居五华山及菜海子一带称洪化府，皇宫设在五华山。
康熙二十年（1681年）
七月，清军入滇，三面包围云南府城。十月吴部余化龙开城投降，吴世璠自杀。二十八日，清军入城。
康熙二十四年（1685年）
云贵总督蔡毓荣、巡抚王继文在慧光寺侧建昆明书院。四十二年（1703年），康熙皇帝书“育材”二字颁滇，昆明书院易名育材书院。
雍正元年（1723年）
大西门内设“宝云钱局”。
雍正七年（1729年）
云广总督鄂尔泰兴工修浚海口河。此年鄂尔泰向清廷上奏《修海口六河疏》，提出了系统的整治方案，并专门在昆阳州添设水利州同一员，驻在海口，专职海口河道治理。
乾隆六年（1741年）
钱沣（字东注，号南园）生于昆明。钱南园后中进士，授翰林院检讨。官至江南道监察御史。刚正不阿，上奏弹劾和珅等权臣，直声震天下。六十年死，年54岁。钱氏为云南历史上的著名书画家。
乾隆十三年（1748年）
一月十六日起，大雨，山洪暴发。昆明、呈贡、晋宁、昆阳、安宁、富民等县大量土地房屋被淹。昆明县共被淹田278顷77亩，淹塌瓦房804间，草房1658间，墙1670堵。七月初十、十一等日，昆明又遭大雨，连续被淹，房屋又倾倒300余间。
清（嘉道咸同四朝）
嘉庆元年（1796年）
圆通山万蝶麇集，逾日方散。
嘉庆八年至光绪二年（1803—1876年）
昆明先后9次流行鼠疫。
道光十年（1830年）
天主教由四川传入云南。
道光十三年（1833年）
昆明发生大地震，人在地上站不稳，小孩们则在地上滚来滚去。毁坏房屋六七百栋，死伤近千人。
道光二十七年（1847年）
在城内设石雕路灯。
咸丰六年（1856年）
四月十六日，云南巡抚舒兴阿、藩司青盛下令清军、团练屠杀回民，昆明回民被杀1万余人。
咸丰七年（1857年）
五至七月，昆明大雨连连，造成大水灾，水灌入城东南低洼处，东、南两门几乎被淹没（水深约9米），人在城楼上可以洗脚。
同治六年（1867年）
八月，杜文秀大理政权以蔡廷栋为大经略，率十八大司，发10余万大军东征昆明。誓师文中有“锄满”“抚汉”“除奸”之语。东征军进展迅速，于次年四月包围了昆明城，给清朝统治者以沉重打击。
同治八年（1869年）
清廷调集湘、川、黔等省清军反攻杜文秀起义军，义军伤亡惨重。12月，义军最后据点红庙、土堆失守，守军3000将士全部阵亡，杜文秀东征昆明失败。
同治十年（1871年）
昆明遭特大洪灾，城东、南门进水，水深约四五米，大东门城郭陷落，城楼垛口坍塌，军民出入均撑船。
清（光绪朝）
光绪四年（1878年）
英国内地传教士戴德生从缅甸进入云南，往返布道，昆明出现几处基督教堂点。
光绪十年（1884年）
六月，腺鼠疫（痒子症）流行于昆明城乡，死亡者有二三万人。此症绵延3年置久。
光绪十二年（1886年）
十二月二十五日，由蒙自架设至昆明的电报线路通报营业，此为昆明第一条电报电路。
光绪二十三年（1897年）
大清邮政在昆明设云南邮政分局，同时开始各项邮政业务。
光绪二十五年（1899年）
法国驻滇交涉员公署（领事馆）设建于卖线街（今华山西路）。
光绪二十六年（1900年）
昆明教案发生。法国违约运械，偷运到昆明的一批军火被扣，领事方苏雅指使武装抢走军火，并占据圆通寺。昆明爱国人民与团练自发驱逐法人，法国驻昆领事馆向抗议市民开枪，市民于义愤中摧毁了“洋教”的一些堂点。事后，由于签订《辛丑条约》，经中法双方交涉，中方赔偿了巨款。
光绪二十七年（1901年）
八月，大法施医院在卖线街建成。
是年，滇越铁路开始动工兴建。1904年云南段开始兴建。宣统二年（1910年）四月全线通车至昆明。
是年，云贵总督府在正义路设云南省会检疫所、官药局、施药公会。在拓东路设普济堂，有官医数人，负责检疫、医疗等事项。
光绪二十八年（1902年）
清政府仿西方体制，革新政务，试行行政权与司法权分立，设立地方各级法院与警察机构。
光绪二十九年（1903年）
英国内地会正式承认昆明内地会。
是年，英国驻腾越领事列敦，未经中国政府允可，强行移驻昆明。
光绪三十年（1904年）
五月，云南省筹办警察。六月于圆通寺内成立云南通省警察总局。警兵按保甲分区巡查：城内分为崇东、崇西、报功、世恩4区16段；城郊分外东、外南、外西3区8段。
光绪三十一年（1905年）
在钱局街宝成钱局筹建造币厂。
是年，昆明自行开放为商埠，并于1906年立商埠界址碑于金牛街墙角处。
光绪三十二年（1906年）
菜海子经营照相、文化用品、放映电影的“水月轩”，年底公开售票放映无声电影。
是年，体操学堂校长杨振鸿（中国同盟会会员）倡导，以体操学堂学生为主，联合各学堂学生成立昆明第一个学生联合组织——公学会。
是年，受聘在高等学堂所属师范、法政学堂教书的日籍教师，工作未满半年即要求加薪，拒绝上课，引起学生抗议，公学会主张驱逐。次年，有关当局迫于压力，全部辞退日籍教师。
光绪三十三年（1907年）
四月，通省警察局解散。昆明城内外24段改划为9区：城中为内中、内东、内南、内西、内北5区；城外为外东、外西、外南一至二共4区。
光绪三十四年（1908年）
取消云南省警察总局，设云南巡警道，为全省警政管理机构。昆明地区设置警务公所，首次配备清道夫、清厕夫，清扫城内10条主要街道和公厕。
清（宣统朝）
宣统元年（1909年）
云贵总督沈秉堃为培养军事人才，创办云南讲武堂，八月十五日正式开学。之后，云贵总督李经羲把新军第十九镇的随营学堂也并入了讲武堂，校址在昆明承华浦。云南讲武堂成立后不久，便在学校中建立了同盟会组织，使讲武堂成为云南革命力量的重要据点。
是年，云南劝业道刘苓舫发起建立“云南耀龙电灯公司”，在石龙坝修建水力发电厂（全国第一座水力发电厂）。发电厂于民国元年（1912年）建成发电。12月，石龙坝至昆明23千伏输电线路建成。公司最初安装电灯6000照，后发展增加4000照。除照明外，电厂还供给兵工、造币、纺织、造纸等工业部门用电，农业抽水磨面等也逐步使用电力。
是年，大清银行云南分行在昆明成立。此行为云南银行的鼻祖，曾发行大清地钞十余万两。
是年，省教育总会创办《云南日报》，为本地第一份日报。
宣统二年（1910年）
滇越铁路全线通车。从昆明经河口至越南海防，由法国投资修建。为云南最早之铁路。同时在塘子巷设火车南站。
是年，耀龙电灯公司成立。
是年，英法兴隆公司总办到昆，要求强行购买云南七府矿权合同。昆明人民在革命党人胡源的领导下，组织“保存云南矿产会”，组织学生请愿，进行赎还矿权斗争。
宣统三年（1911年）
10月30日（农历九月初九），继10月10日革命党人在武昌起义后，蔡锷及在昆明的一批同盟会员李根源等在昆明起义，推翻了清王朝在云南的统治，史称“重九起义”。革命军由蔡锷任起义军临时总司令。起义成功后，各军官士兵公推革命军总司令蔡锷为军都督，以五华山两级师范学校为“大中华国云南军都督府”。府内设一院三部。
是年，意大利派洒郎戴为驻滇副领事，驻平政街牛角坡。
